Mit der Rückführung der 3. Real- und der 3. Sekundarklasse von Wolhusen nach Menznau wurde 1996 ein neues Sekundarschulhaus mit integrierter Schul- und Gemeindebibliothek errichtet. Die Rickenhalle dient seither als zweite Turnhalle. Im Zuge der Umgestaltung der Sekundarstufe I wurde das Schulhaus in den Jahren 2003/04 um einen zusätzlichen Trakt erweitert.
Aufgrund rückläufiger Schülerzahlen erfolgte im Schuljahr 2014/15 der schrittweise Wechsel vom kooperativen zum integrierten Modell. Seither werden die Schülerinnen und Schüler der Niveaus A, B
und C gemeinsam in Stammklassen unterrichtet. Die weiter sinkenden Schülerzahlen führten im Schuljahr 2020/21 zur Schliessung von zwei Abteilungen. Um die kantonalen Rahmenbedingungen einhalten
zu können, wurden neue Wege beschritten. So wurde vorübergehend eine altersdurchmischte 1./2. Sekundarklasse als Pilotprojekt geführt.
Gegenwart
Die integrierte Sekundarschule Menznau umfasst derzeit fünf Abteilungen, die als Jahrgangsklassen organisiert sind.
